Jönköpings kommun är uppdelat på tre kretsar:

Naturskyddsföreningen i Bankeryd
Naturskyddsföreningen i Huskvarna-Gränna
Naturskyddsföreningen i Jönköping

En krets i varje kommun:

Eksjö naturskyddsförening
Gislaveds naturskyddsförening
Naturskyddsföreningen i Gnosjö
Naturskyddsföreningen i Habo
Naturskyddsföreningen i Mullsjö
Naturskyddsföreningen i Sävsjö
Naturskyddsföreningen i Tranås
Naturskyddsföreningen i Vaggeryd
Naturskyddsföreningen i Vetlanda
Nässjö naturskyddsförening
Värnamo Naturskyddsförening

Kretsarna bildar tillsammans Jönköpings länsförbund.